日前，《中国科学基金》杂志刊登了《我国高等学校贯彻<国家自然科学基金条例>面临的挑战与对策》一文，对《国家自然科学基金条例》自2007年4月1日起施行一年多来，各个高校在贯彻中所面临的挑战进行了分析。
近年来，高校作为依托单位也不可避免地存在着经费使用不端现象和行为，例如超范围提取劳务费、超预算超范围支出以及项目结算经费监管不严等。究其原因，一方面，不排除有的高校故意违反《国家自然科学基金项目资助经费管理办法》规定，任意扩大劳务费开支范围，有些领取国家工资的公职人员，如项目负责人和项目组成员也从项目经费中获取劳务费；超预算列支仪器设备费；超范围从项目经费中列支人员费、接待费等公用性经费支出；差旅费支出标准过高等。
另一面的原因也是由于目前高校经费管理的特殊制度所致，其一是因为高校没有科研事业费。科研事业费是科研项目的主体（政府机构或企业）对承担单位（学校或研究机构）在项目执行过程中付出的间接成本的必要财务补偿。在项目的实际执行过程中，除研究项目的直接支出之外，承担项目单位会发生很多间接的成本支出，而在我国现行的科研资助体系中，通常只计算科研项目的直接成本，忽视了项目承担单位在项目执行过程中付出的间接成本。高校进行科研项目间接成本的发生，一方面是由于教职员工利用相当一部分时间从事科研活动同时还要从事教学工作，而学校为了保障科研工作的正常进行，必然要雇用更多的教师及一批专职研究人员和技术人员以便可以适当减少教师的教学工作量；另一方面，学校需要对科研工作所必需的基础设施、公共仪器设备进行预先投入，并提供一定的人力和物力保障这些基础科研设施的正常运行，而这些支出却并不属于研究项目的直接成本，不能在项目计划中直接列支，也无法得到相应的科研事业费补偿。目前，高校只能靠自筹资金支付上述间接成本，当自筹资金遇到困难时为了保证高校科研工作的正常运转，不得已而从项目经费中进行人员费开支。其二是因为高校中有大量研究生参与科研。《国家自然科学基金项目资助经费管理办法》虽然对不同的项目，参与的研究生人数、工作量也不同，但是按规定劳务费限额是一刀切。当然也不排除有的是有意违规，但目前制度的刚性导致了上有大政策，下有小对策，从而超范围列支相关费用也是一个重要原因。
原始记录是科学研究真实性和连续性的重要依据，也是保护知识产权和保护科技工作者成果的法律依据。但是目前在高校的科研管理工作中，对于何为原始记录并没有一个准确的定义和明确的界定，原始记录的内容尚无统一要求，只能由科研人员自行掌握。
有些项目依托单位在项目经费管理方面的制度还不够健全，科研部门、财务部门、审计部门、项目负责人在项目经费管理中的职责和权限不够明确，在经费开支上不能严格执行科学基金项目经费管理办法，不敢大胆管理，致使项目经费开支不按预算执行，有违规违纪现象发生。
作为高校一方面要遵照《条例》对依托单位之外的申请人进行管理，另一方面，这种管理在实际实施过程中却面临许多不确定因素，对有些申请人的项目难以进行有效的管理。比如，无工作单位或者所在单位不是依托单位的申请人一旦成为承担人，其人事关系、研究场地等均游离于依托单位的管理。这类申请人的项目将给依托单位的科研管理带来相当大的困难。
就目前情况来看，由于基金管理机构向申请人提供的专家评审意见都是整理过的同行通讯评议意见（有时同行通讯评议意见却都是同意资助的表述），而学科组即二审评议的最终不予资助的实质性理由等评审意见却没有反馈，因此可能造成申请人对不予资助的决定不服，提出复审。按照《条例》规定，依托单位不参与复审环节，对复审也理应无需发挥任何管理作用。然而，实际工作中一旦本单位的复审量剧增时，依托单位与不予受理或者不予资助的申请人之间的了解、沟通、建议、咨询等一系列管理工作却必不可少。因此依托单位是否参与复审，也成为高校贯彻《条例》面临的一个难题。
基于以上问题，作者提出如下对策：高校要积极与基金委联系并获得指导，适时就高校存在的问题进行调研，指导解决，防患于未然；与相关部门协调合作，明确分工；制定经费预算各栏目的弹性比例；为基金项目申请人做好解释咨询等服务工作。
