作者: 来源:中科院北京基因组研究所 发布时间:2009-12-29 14:42:33
选择字号:
“人类多层次多人群自然选择数据库”构建完成
 
为了更好地了解人类不同种群的遗传差异和受到的自然选择情况,以及比较不同指标之间的印证关系,近日,中国科学院北京基因组研究所曾长青研究员实验室的程锋等人,通过选择目前SNP(单核苷酸多态性)分型数量最大和种群数最多的HapMap(国际人类基因组单体型图计划)分型数据作为研究基础,从基因组大片段,功能基因以及单个SNP位点等三个层次来研究人类不同种群的基因组遗传分化和所受自然选择的情况。根据使用多个不同指标(HET,Win_HET,FST,Win_FST,iHS,ES_HET,ES_FST,P_iHS等)及策略来扫描选择信号,并把它们置于同一个框架下进行比较和验证,以求获得最大的信息。研究结果建立了“人类多层次多人群自然选择数据库”暨阳性自然选择数据库SNP@Evolution (http://bighapmap.big.ac.cn/)供国内外科研使用,自九月下旬相关文章在BMC Evol Biol发表以来,SNP@Evolution已受到来自全世界几十个国家和地区上万次的访问和下载,为该领域的研究人员提供了一个发现选择信号的有用工具。
 
SNP@Evolution共分为数据查询和图形查询界面两个部分。包括了HapMap II期和III期的数据结果。II期共有3,619,226个SNP数据,以及21,859个基因的分析数据。共有1606个基因组大片段显示选择信号,660个显示分化信号。III期数据共包含1,389,498 SNPs,21,099个有效基因分析数据。在11个人群中找到了10,138个受选择的基因组片段,以及464个具有强分化的基因组片段。为了方便研究,SNP@Evolution的查询结果可以链接到其他数据库获取更多信息。
 
数据库链接http://bighapmap.big.ac.cn
 
文献记录: 
Cheng Feng,Chen Wei,Richards Elliott,Deng Libin,Zeng Changqing. SNP@Evolution: a hierarchical database of positive selection on the human genome. BMC Evolutionary Biology 2009,9:221.
 
 
 
 
 
特别声明:本文转载仅仅是出于传播信息的需要,并不意味着代表本网站观点或证实其内容的真实性;如其他媒体、网站或个人从本网站转载使用,须保留本网站注明的“来源”,并自负版权等法律责任;作者如果不希望被转载或者联系转载稿费等事宜,请与我们接洽。
 
 打印  发E-mail给: 
    
 
以下评论只代表网友个人观点,不代表科学网观点。 
SSI ļʱ
 
 
读后感言:

验证码:
相关新闻 相关论文

图片新闻
我国第一块“细胞培养肉”诞生 子午工程二期标志性设备启动建设
NASA公布土星最大卫星泰坦地质图 窥探海洋微生物的世界
>>更多
 
一周新闻排行 一周新闻评论排行
 
编辑部推荐博文
 
论坛推荐