来源: 中国科学报 发布时间:2021-10-28
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《自然—生物技术》

单细胞转录组学中的表型相关细胞群获揭示

美国哈佛医学院Soumya Raychaudhuri团队利用共变邻域分析(CNA)揭示与单细胞转录组学中感兴趣的表型相关细胞群。这一研究成果10月21日在线发表于《自然—生物技术》。

研究人员提出了CNA,这是一种无偏倚的方法,可用于识别相关的细胞群,比基于集群的方法具有更大的灵活性。CNA通过识别转录空间中的小区域组(被称为邻域)在不同样本中的丰度共同变化,描述了不同样本的主导变化轴,并表明有共同的功能或调节。CNA对任何样本级属性和这些共同变化的邻域组丰度之间的关联进行了统计测试。模拟结果显示,与基于集群的方法相比,CNA能够更敏感和准确地识别疾病相关的细胞状态。当应用于已发表的数据集时,CNA捕获了类风湿关节炎中的Notch激活特征,识别了败血症中扩大的单核细胞群,并识别了与活动性肺结核进展相关的新型T细胞群。

相关论文信息:

https://doi.org/10.1038/s41587-021-01066-4

《新英格兰医学杂志》

成人非酒精性脂肪肝病纤维化分期越高预后越差

美国弗吉尼亚联邦大学医学院Arun J. Sanyal团队对成人非酒精性脂肪肝(NAFLD)预后进行了一项前瞻性研究。该研究成果近日发表于《新英格兰医学杂志》。

在NAFLD的组织学范围内,死亡、肝和非肝结局的预后尚不明确。研究组前瞻性地跟踪了一个包括NAFLD全组织学谱的多中心患者群体,并比较基线组织学特征中的死亡发生率和其他结局。

研究组共对1773名NAFLD成人进行了为期4年的中位随访,发现全因死亡率随着纤维化分期的增加而增加;每100人—年肝相关并发症的发生率随着纤维化分期的增加而增加。

在校正年龄、性别、种族、糖尿病状况和基线组织学严重程度后,任何肝失代偿事件(静脉曲张出血、腹水或脑病)的发生率与全因死亡风险增加相关。研究结果表明,在这项涉及NAFLD患者的前瞻性研究中,F3和F4期纤维化与肝相关并发症和死亡风险增加相关。

相关论文信息:

https://doi.org/10.1056/NEJMoa2029349

《细胞》

科学家开发出一种抑制线粒体基因表达的体外系统

德国哥廷根大学Peter Rehling课题组开发出一种抑制线粒体基因表达的体外系统。相关论文近日在线发表于《细胞》。

研究人员提出了一个体外系统以沉默纯化线粒体中的翻译。在体外导入化学合成的前体—吗啉杂交体能够针对单个线粒体mRNA的翻译。通过应用这种方法,研究人员发现,双顺反子的、重叠的ATP8/ATP6转录本是通过单一核糖体/mRNA的参与而翻译的。结果表明,COX1组装因子对翻译核糖体的招募取决于新生链的形成。通过定义COX1和COX2的mRNA特异性相互作用组,研究人员揭示了细胞膜上的IGF2BP1(一种RNA结合蛋白)在线粒体翻译中的意外功能。这些数据提供了对线粒体翻译的深入了解,以及研究线粒体基因表达的创新策略。

相关论文信息:

https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.09.033

《中国科学报》 (2021-10-28 第2版 国际)
 
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