染色质免疫沉淀反应(ChIP)是研究转录因子的染色体附着区域领域里一个强有力的工具。ChIP需要将细胞用甲醛进行交联，并且用超声的方法将染色质分裂为长度为0.2~1kb的片段。这些附着有蛋白质的DNA片段随后用特异的抗体进行免疫沉淀。最后，从沉淀中提取出DNA进行测序，从而即可知道附着有蛋白质的DNA序列。ChIP-Seq是将ChIP技术与新一代的DNA测序技术相结合，从而取代现有的ChIP芯片，实现全基因组的蛋白质结合区域测定。

 

通过ChIP-Seq读出的一段短小序列通常都能够与基准基因相对应。但也存在许多特殊情况，使得这样的一种对应关系出现错误，从而不能够精确地定位结合位点。来自美国国家健康中心的学者们提出了一种新颖的运算法则——SISSRs，很好地解决了上述问题。SISSRs首先计算出阅读序列的平均长度，然后结合片度长度、阅读方向、背景模型和其他一些控制参数，将结合位点的定位缩小到数十个碱基范围内，从而大大提高了基因定位的准确性。该算法的灵敏度与准确性通过测试数个大型基因组的结果得到了肯定，对ChIP-Seq技术的推广使用来说意义重大。

 

原文链接：http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/36/16/5221

 

（邵振宇/编译）

 

《科学新闻》 (2008年 10月 第2期 封面集锦)