作者:Sofie Salama 来源:《自然—方法学》 发布时间:2010-12-9 16:04:51
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高通量RNA结构测定方法问世
 
12月份出版的《自然—方法学》刊登了一篇文章,描述了一种高通量RNA结构测定方法——“片段化测序”法(Fragmentation sequencing ,FragSeq)。相关研究由美国加州大学圣克鲁兹分校霍华德·休斯医学研究院教授索菲·萨拉马(Sofie Salama)所领导的课题组完成。
 
RNA对基因表达和基因组稳定性的调控作用成为近来研究的热点,而弄清RNA二级结构是理解RNA功能的第一个必要步骤。测定非编码RNA结构的经典方法是化学法和酶法,但是它们一次只能测定一个RNA分子,这种方法不仅费力而且对技术要求高。FragSeq法却可以在整个转录组水平同时对大量RNA进行结构测定。
 
该研究利用核酸酶P1将小鼠RNA进行片段化,得到20–100-nt 大小片段;之后在片段的5"-PO4和3"-OH端分别加上接头,通过逆转录和PCR扩增之后,构建FragSeq文库并对其进行深测序。为了保证文库片段均是由核酸酶P1剪切产生,萨拉马等设置了两个对照组:一组RNA不使用核酸酶P1处理来估算由内源降解产生5"-PO4基团的片段数,另一组则多加了T4连接酶处理RNA,以此来计算不产生5"-PO4基团的片段数。通过凝胶电泳分离出目标片段。最后萨拉马等利用一种软件,可以将大量测序结果格式化,使其能够被一种RNA预测软件读取,进而预测出RNA二级结构。(科学网 任春晓/编译)
 
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