作者:朱朝东等 来源:《BMC进化生物学》 发布时间:2010-10-21 15:34:49
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分子系统学基础研究取得新进展
 
在现代分子系统学研究中,最大似然法和贝叶斯分析是两种文献中最为主要的构建系统发育树的两种方法。在构建系统发育之前,研究人员一般都需要对比对后的多条基因序列进行最优进化模型选择。目前,通常使用的模型选择软件,如ModelTest等,其实包含似然比检验(LRT),赤池信息标准(AIC)和贝叶斯信息标准(BIC)等多种选择模型的统计标准。对于研究者来说,具体采用哪种统计标准最后选出进化模型往往是一个让人困惑的问题。
 
因此,为了更好的理解不同选择标准的行为特点,从而方便众多研究者的应用,该研究针对广义时间可逆模型(GTR)中24个基本的模式,共计模拟了33,600个数据。就分层似然比检验(hLRT)、赤池信息标准(AIC)、贝斯信息标准(BIC)和决定理论(DT)等四种现有的主要标准,分别对这些数据进行模型选择,并继而分析了不同标准的准确性、精确性、差异度和选择偏向性。结果表明BIC和DT具有较高的准确性和精确性,因此判断它们是目前最佳模型选择标准。另外,结果显示:对于同样的数据不同的选择标准经常选择出不同的最优模型;其中hLRT和AIC的差异度最高,而BIC和DT之间的差异度则最小。选择偏向性结果表明:当真实模型含不变异位点这一参数时,hLRT的选择准确性较差;而BIC和DT则总是呈现相似的选择偏向性。总之,研究表明在做模型选择分析时,BIC和DT应该作为首选的统计标准。结合模型适度检验,依据BIC和DT的选择模型理应能促进分子系统及相关研究的可信性。
 
该研究主要由中国科学院动物研究所朱朝东博士领导的课题组完成,主要得到了中国科学院农业办公室项目(KSCX2-YW-NF-02)、国家自然科学基金委项目(30870268, J0930004)资助,并部分得到中国农业部行业科技专项(200803006)、北京市自然科学基金委重点基金(KZ201010028028)等项目的资助。
 
研究论文已发表在《BMC进化生物学》(BMC Evolutionary Biology)(SCI影响因子4.29)。该论文自发表以来,已经成为该杂志高度受关注论文之一。目前第一作者罗阿蓉同学,已经得到国家留学基金委资助,前往澳大利亚联邦科工委组织进一步开展博士论文工作,加强在该领域的合作研究。(来源:中科院动物研究所)
 
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2010/10/30 15:03:58
如果一年内被他引超过20次,那该文就算模型选择类的文章中不错的......祝文章作者好运,祝该结果经得起考验。
2010/10/29 22:17:04
这篇论文研究模型选择这样一个基础问题,思路、方案与获得的结果得到审稿人的认可,并在发表以来成为该杂志被高度关注的论文之一。作者当然期望成果发表在更加高水平的杂志上,但是没有欺骗“外行人”或同行的主观意愿,而是希望和同行分享研究成果。作者对评论人提出的进一步目标,在此表示致谢。
2010/10/22 0:11:56
欺骗外行人而已。这个结果要是足够好,这篇文章应该发在PLoS COMPUT BIOL、MBE、SYST BIOL或者至少是Bioinformatics上。
 
 
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